Sembilan siswa berkumpul di sekolah menengah mereka di malam hari untuk mengucapkan selamat tinggal pada seorang teman. Seperti kebiasaan di antara banyak siswa sekolah menengah, mereka melakukan semacam ritual bagi mereka untuk tetap berteman selamanya, menggunakan pesona kertas kecil berbentuk seperti boneka.
Namun, para siswa tidak menyadari bahwa pesona ini terhubung dengan Heavenly Host Academy — sebuah sekolah dasar yang dihancurkan bertahun-tahun lalu setelah serangkaian pembunuhan mengerikan terjadi, sebuah sekolah yang terletak di bawah fondasi Akademi Kisaragi mereka sendiri. Sekarang, terperangkap dalam dimensi alternatif dengan hantu pendendam di masa lalu, para siswa harus bekerja sama untuk melarikan diri — atau bergabung dengan roh-roh terkutuk selamanya.
Sebuah pesta untuk para fanatik misteri, anjing-anjing pemburu, dan penggemar horor, Corpse Party: Souled Souls – Bougyakusareta Tamashii no Jukyou menunjukkan pandangan serius tentang penebusan, pengorbanan, dan bagaimana masa lalu selalu tepat di belakang, kadang-kadang agak terlalu dekat untuk kenyamanan .
